地名由來有二說，其一：鄭氏時期移民入墾時，嘉南平野上多疏林莽原，矮樹參差，因而命名長短樹，其二：長短樹庄原名「長苑樹庄」，庄名來源尚待探究。初期來自華南的墾民，溯八掌溪而上來到頂長短樹庄開墾，因應聚落日漸擴大，移民增加，逐漸向西南另建新庄，以原聚落在北稱為頂長短樹庄，庄頭擴大後移出的居民在西南側新發展的聚落稱之為下長短樹庄。 此庄在清代屬下茄苳北保長短樹庄，明治四十二年（1909）行政區改制，此時長短樹庄的行政區屬鹽水港支廳菁寮區下所轄的下茄苳北堡長短樹庄，並依保甲制度，頂長短樹庄屬於長短樹第一保，大正九年（1920）行政區改制，此區長短樹庄改為大字，光復後將頂長短樹設為一村，以原庄名的前二字命名為頂長村。