本地以前為鹹水養魚池，可知此地居民曾在此搭寮捕「蚶」等水產動物，故取名為「蚶寮」。蚶寮里於民國三十五年行政區重劃後正式成立，位在佳里區的西北端，東接通興里、龍安里，西則與七股區為鄰。其聯外主要道路有二，分別為南34線及南36，皆通往七股鄉。
本地民眾祖籍福建泉州同安縣馬巷份十一都西蘆里。清乾隆初年，先民兄弟叔侄等渡海溯溪而進，在北岸的中堎「今通興里東邊」一帶結草為廬，闢荒地為良田，披荊斬棘，篳路藍縷。由於先民的努力，人口日增，沿岸往東到大社﹝今之外渡頭﹞，蚶西港一帶定居者將近千戶，工廠和商舖逐漸增加，魚塭蚶田比比皆是，儼然是一個小鎮。當時還沒有火車和公路，陸路往來有的藉騾馬驢車驛運，或靠兩腿奔馳，晚宿朝行。且近自北門嶼，布袋嘴，安平，遠及澎湖，大陸，通商船舶往來絡繹不絕，蚶西港埠也在商旅不絕中形成。